Ce que tu fais est faisable en PHP lorsque tu récupère tes données via POST, GET, et c'est d'ailleurs ce que tu as déjà fais, d'ou l'adaptation en JS ici j'imagine ;)

Mais je crois pas que tu puisse faire de même en JS, enfin, je n'ai jamais essayé. De sur tu t'y prend mal, c'est normal qu'il te dise que ce n'est pas défini (NaN) car ce que tu fais revient à lui demander ca :

var chargeHH = parseInt(((10+i).value)*60) ;

Mais tu peux faire autrement puisque tu es en JS :

Avant de faire appel a ta fonction, passe des HH dans un tableau, de meme pour tes MM, et tu passe ces deux tableaux à ta fonction. Ou alors tu met tout ca dans des tableaux directement dans la fonction comme dans l'exemple ci-dessous :

Ainsi tu aura un truc du style :

function validerModif(dateDeb, dateFin, dateEch, chargeHH0, chargeMM0, chargeHH1, chargeMM1, chargeHH2, chargeMM2, chargeHH3, chargeMM3, chargeHH4, chargeMM4, chargeHH5, chargeMM5, chargeHH6, chargeMM6){

  var tabChargeHH = new Array();
  tabChargeHH.push(chargeHH1);
  tabChargeHH.push(chargeHH2);
  ...
  var tabChargeMM = new Array();
  // --- Idem que pour tabChargeHH

	var tableauCharges = new Array();
	for(var i=0; i<tabChargeHH.length; i++){
		var chargeHH = parseInt((tabChargeHH[i].value)*60) ;
		var chargeMM = parseInt(tabChargeMM.value) ;
		var chargesSaisies = chargeHH+chargeMM ;
		tableauCharges.push(chargesSaisies);
		messageErreur = messageErreur+"\n"+tableauCharges[i];
	}
	alert(messageErreur)
	
	return false ;
}