Salut pour extraire un fichier sous-titre d'un mkv c'est simple, utilisez mkvtoolnix pour identifier le fichier sous-titre à extraire puis utilisez mkvextract pour l'extraire et puis voila c'est fait. Normalement le fichier sous-titre contient (S_TEXT/...) dans son nom suivi du type de sous-titre généralement les sous-titre sur mkv sont en .ass donc par exemple pour un .ass le fichier sous-titre contiendra dans son nom: (S_TEXT/ASS).
Voila j'espère que ça vous à aider.

PS: si vous trouvez pas le fichier S_TEXT cela signifie que les sous-titres sont incrustés dans l'image, ils ne peuvent donc pas être extraite.
Pour en être sure utilisez vlc pour lire la video puis aller dans video / piste sous-titre et regardez si des sous-titres sont disponible.
Voila maintenant c'est vraiment fini.

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Il faut utiliser MKV Toolnix.

Demuxer le fichier MKV.
Repérer la piste audio de la langue choisie.
Repérer le numéro des fichiers .idx et .sub correspondant à la langue du sous-titrage choisi.

Ensuite muxer (MKV Merge) : le fichier H264 (possible de vérifier le nombre d'images par seconde en utilisant d'abord un lecteur qui l'indique ou Ripp-it. Par défaut ce sera 25.
Ajouter le fichier .ass et les fichiers aac et idx choisis.

Enfin et c'est le plus important, sur la page suivante de MKV Merge (Attachements), ajouter le fichier .sub correspondant à la langue de sous-titrage avec le code mime Text/Plain.

Cela devrait donner quelque chose comme
???.h264
???.aac
???.ass
???.idx
+ attachement ???.sub

Le fichier de sorti peut-être enregistré en .mkv ou .avi sans que ça change quoi que ce soit.
Have fun,
XC3J