Tu peux définir une classe pour tes pixels, ou simplement utiliser les paires de la STL. Pour stocker tes pixels tu peux utiliser différents containers :
std::vector : recherche en O(n), accès en O(1)
std::list : recherche en O(n), accès en O(n)
std::set : recherche en O(log(n)), accès en O(log(n))

Ci dessous un exemple avec utilisation des flux ( opérateur <<), des iterators, bref ça me semble pas mal pour commencer ;-)

#include <set>
#include <iostream>

typedef unsigned int coord_t;

class pixel_t{
  protected:
  coord_t x;
  coord_t y;
  // par exemple ici tu peux rajouter 
  // quelque chose pour enregistrer la couleur
  // du pixel

  public:

  pixel_t(const coord_t & x0=0,const coord_t & y0=0):x(x0),y(y0){}

  inline const coord_t & get_x() const{
    return x;
  }

  inline const coord_t & get_y() const{
    return y;
  }

  inline void set_x(const coord_t & x0) const{
    x = x0;
  }

  inline void set_y(const coord_t & y0) const{
    y = y0;
  }
};

int main(){
  // Creer des pixels
  pixel_t  p1(1,2),p2(1,3),p3(5,3);

  // Les sauver dans un ensemble
  std::set<pixel_t> mes_pixels;
  mes_pixels.insert(p1);
  mes_pixels.insert(p2);
  mes_pixels.insert(p3);

  // Afficher la collection de pixels
  {
    std::set<pixel_t>::const_iterator 
      sit(mes_pixels.begin()),
      send(mes_pixels.end());
    for(;sit!=send;++sit){ // pour chaque pixel
      const pixel_t & p = *sit; // le pixel courant
      std::cout << '(' << p.get_x() << ',' << p.get_y() << ')' << std::endl;
    }
  }
  return 0;
}