Sans problème !
Tu peux même faire cohabiter les 2 protocoles sur le même réseau Ethernet.
Pour les virus: certains virus sont capable d'infecter des PC en passant par NetBIOS ('Partage de fichiers et d'imprimante Microsoft'), que NetBIOS soit transporté par IPX, TCP/IP ou autre.
Donc il est indispensable d'installer un antivirus sur chaque poste.
La majorité des antivirus commerciaux actuels sont administrables à distance. ça facilite beaucoup les choses (par exemple pour les mises à jour).