Concernant la génération de PDF sous in design, il faut se méfier.
On a tendance à importer tout et n'importe quoi comme format d'images et le problème vient de là.
Si tu importes des PSD directement dans indesign tous les blocs vont bugger. Tu ne le verras pas sous ton PDF, mais dès que tu RIP, les blocs remontent sous forme d'un léger tramé.
Pour faire un "bon" PDF, il faut absoluement imprimer un fichier PS (post script) et le distiller dans acrobat distiller.
Ne pas faire d'export direct.
Et surtout éviter les PSD et utiliser des EPS avec un masque au maximum...