Ben le problème c'est que le noyau Linux et Windows n'ont pas la même bibliothèque pour les drivers.
Il me semble avoir lu sur la faq d'un newsgroup que la série des Windows 9x (95,98,Me) n'ont pas la même bibliothèque pour les drivers que les windows à noyau NT (NT, 2000, XP, 2003 etc...).
J'ai jamais fait de driver serie / parallèle alors je saurais pas trop te dire. Mais si tu utilisais des fonctions de l'API windows sur 98, regarde si elles sont toujours compatibles avec la famille des NT sur le site http://msdn.microsoft.com