J'ai trouvé un moyen de faire ça a partir de windows XP, ça marche pour les disques durs externes mais je ne sais pas pour ceux intégrés.
il faut faire un clic droit sur le poste de travail, cliquer sur "gérer".
Dans cette fenêtre, il y a a gauche "stockage", "gestion des disques".
Le(s) disque(s) dur(s) apparaissent, sur le disque que vous voulez passer en FAT32 faire clic droit et suprimer la partition. La représentation du disque se hachure en gris. faire clic droit, marquer la partition comme active. Suivre l'assistant, a un moment il va vous proposer NTFS ou FAT 32, choisissez FAT 32, puis cliquez sur formater.
Je viens de le faire sur mon disque ça a marché. par contre, si vous partitionnez votre disque, les partition siovantes ne peuvent être qu'en NTFS (en tout cas pour ma seconde partition, je n'ai pas eu le choix).