Non, ce n'est pas bon.
Les script CGI-PERL on l'habitude d'être appellé à part entier, c'est à dire comme une page web normal, avec dans la barre d'URL, http://.../cgi-bin/index.pl et c'est ce script perl qui va écrire le contenu HTML (print "<html>...";).
Tu dois toutefois pouvoir l'utiliser comme un JavaScript externe afin dans faire des appels localisés (à tester).
Dans ta page HTML :
<script type="text/javascript" src="http://.../cgi-bin/index.pl">
Dans ton script PERL, tout ce que tu affiches devra être du JavaScript (exemple, tu veux afficher sur ta page "Hello World !") :
print "Content-Type: text/javascript\n\n";
print 'document.write("Hello World !");';
-= Bobinours =-