Onyx aussi gratuit permet la même chose. C'est au choix.
Les fichiers qui ne concernent pas directement le système ne sont pas perdu si tu réinstalles un nouveau dossier système. Il y a une option pour ça dans l'installateur. Je ne l'ai pratiquée qu'il y a bien longtemps, je ne me souviens donc pas des détails exacts. De toute manière, si un système existe sur le volume, l'installateur te proposera automatiquement cette option.
Tente tout de même autre chose que cela, tu aurais aussi à désinstaller (corbeille) et ré-installer pas mal de logiciels dont l'enregistrement et les préfs seraient perdus (difficiles à retrouver, en tout cas).