Moi je fais comme ca :
je nomme chaque checkbox comme ca : name="nom_du_groupe[]"
et dans ton script php qui recupere le form, les tableaux de chaque groupe contienne juste les valeurs qui ont été cochées.
par exemple
<input type='checkbox' name='id[] value='1'>Numero 1
<br>
<input type='checkbox' name='id[]' value='2'>Numero 2
<br>
<input type='checkbox' name='id[]' value='3'>Numero 3
<br>
... etc
tu recuperera un tableau $_POST['id']
tu peux faire autant de groupe que tu veux, on les nommant differement bien sur