En fait il y a des convention (c'est vrai qu'en général si tu as les droits c'est plutôt /usr/local) mais en fait tu es libre de faire ce que tu veux.
Si ce sont des paquets à compiler (les fichiers tgz ou tar.bz2 que tu peux dl à droite à gauche), tu spécifies le répertoire d'installation au moment du ./configure... ce qui permet d'installer des applis sans être root (dans ces cas là tu installes ça dans ton home).
De mémoire la syntaxe c'est un truc du genre :
./configure --prefix="/home/plop"
Mais dans la mesure du possible mets tes applis dans /usr/local c'est plus propre ;)