En fasit je me suis creuse la tete toute la nuit, et c est bon, je crois que j ai trouve.
Donc je pose une solution (je suis sure qu il y en a des millards d autres et que ce n est peut etre pas la meilleur soluce qui existe mais en tout cas, ca marche)

import java.util.*;
import java.io.*;

public class PurgeTest {
    public static void main(String args[]) {
        ArrayList<String> arrayOfStrings = new ArrayList<String>();
        try {
            BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader("c:\\test.txt"));
            FileWriter fstream = new FileWriter("c:\\out.txt");
            BufferedWriter out = new BufferedWriter(fstream);
            String line = "";
            while ((line = reader.readLine()) != null) {
                arrayOfStrings.add(line);
                HashSet<String> h = new HashSet<String>(arrayOfStrings);
                arrayOfStrings.clear();
                arrayOfStrings.addAll(h);
            }
            for (String readline : arrayOfStrings) {
            	out.write(readline + "\n");
            }
            out.close();
            reader.close();
        }
        catch (Exception ex) {
        	System.out.println("Exception: " + ex.getMessage()); 
       }
    }
}