Tu dois le télécharger en local le modifier puis envoyer la nouvelle version.
Il est possible de configurer Filezilla pour éditer tes fichiers avec un éditeur.
Si le problème est que tu ne vois pas apparaître le ".htaccess", alors récupères-le puis concerves-le sur ton DD : quand tu fais des modifications, tu envoyes le fichier et Filezilla te proposera de l'écraser (ou il le fera tout seul).
Pour récupérer ton .htaccess, lances la console (Invité de commande) :
ftp example.com
utilisateur
password
get .htaccess
(Remplace example.com par ton hôte FTP) ; Ton .htaccess sera dans ton dossier personnel.
Ton ordinateur ne fait pas ce que tu veux ... mais ce que tu lui dis de faire.