Dans un Mac en OS X, il y a un utilitaire (aller à / applications / utilitaires) :"utilitaire de disque" qui permet justement de faire ça.
Il faut et il suffit d'insérer la clé USB dans un port idoine, la sélectionner dans la fenêtre de l'utilitaire, et choisir l'onglet "effacer". Tu trouveras quelques options de formatage, mais le Mac OS étendu marche plutôt bien. Même WXP reconnait ce type de choses…
bon travail

L'apparence des fichiers sur une clef USB est normale, le format est du MS DOS (FAT 32). C'est prévu ainsi pour permettre l'échange Mac-PC.
Choisir un autre format causerait plus de désagréments.
Si c'était en NTFS, le Mac pourrait y lire, mais rien y écrire.
Si c'était en HFS+ (Mac OS étendu), il faudrait un logiciel installé sous Windows pour l'utiliser.

Donc, le mieux pour utiliser cette clef, c'est de la laisser telle-quelle et si besoin, la reformater en FAT 32 grâce à l'Utilitaire de disques.

Pour que les fichiers restent totalement intacts, autant les compresser (ils prendront d'ailleurs moins de place, la plupart du temps) et de renommer la compression selon la norme DOS : 8 caractères + 3 caractères pour l'extension, pas d'accents ni de caractères spéciaux, de préférence.
De cette façon, le contenu sera exploitable par le plus grand nombre de plateformes.