PHP Comparaison de deux fichiers

Bonjour,

Je suis en train d'écrire un programme en php qui me prend deux fichiers en argument et qui les compare.
Comparaison:
Parcours le premier fichier avec un for
Parcours le deuxième fichier avec un for
récupéré les info utile dans le premier fichier
récupéré les infos utiles dans le deuxième fichier
test si info fichier 1 == info fichier 2

Si les deux infos sont = alors je l'écris dans un troisième fichier, certains paramétres. Mais j'ai ce message d'erreurs qui s'affiche au moment de l'exécuter.

Fatal error: Maximum execution time of 60 seconds exceeded

Les deux fichiers sont assez gros chacun comporte environ 900lignes

Sinon y a-t-il un notre moyen de parcourir les fichiers qu'avec des boucles for?

Pour plus d'infor:
J'ouvre mes deux fichiers avec fopen ensuite je fais un file() du fichier qui me permet de stocker chaque ligne de mon fichier dans un tableau. Apres je parcours mes deux tableau avec un for.
exemple de for: for($j = 0; $j < $Taille_Tab_fichier1; $j++){}

Merci pour votre aide