Je suppose que tu as changé égallement de type de câble: d'un 40 fils, tu es passé sur un 80)... Il faut vérifier que le disque bootable est bien en maitre (Master) et que l'autre éventuel est bien en esclave (Slave). De plus, sur ces câbles la position des lecteurs est importante. Tu dois avoir:

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Carte Disque Disque
mère esclave maitre

Il n'y a que comme ca que cela peut marcher...
Vérifie également que les connecteurs soient bien enfoncés dans la carte mère ainsi que sur les lecteurs et qu'ils soient bien alimenté. Vérifie ensuite que le bios accède à ces lecteurs.