J'ai trouvé, pour ceux que ca intéresse:

1. Monter l'image Boot.wim sur le disque C:
2. Ouvrir regedit, séléctionner HKEY_LOCAL_MACHINE, aller dans le menu Fichier et séléctionner Charger la ruche...
3. Séléctionner le dossier ou vous avez monté votre image boot.wim, par exemple pour moi c'était c:\win_pe_boot\mount\windows\system32\config et utilisez le fichier DEFAULT. Donnez lui un nom, par exemple WINPE quand il vous le demande.
4. Ouvrir HKLM\WINPE et aller dans Keyboard Layout\Preload. Changer la valeur 1 de 00000409 vers 0000040C (Cette valeur correspond au clavier francais. Pour moi c'était 00000100C, clavier Suisse Romand).
5. Séléctionner WINPE dans regedit, aller dans le menu Fichier et Séléctionner Décharger la ruche...
6. Démonter l'image Boot.wim, sans oublier le /commit !

Maintenant mon clavier est passé de AZERTY à QWERTY!
Mais je souhaiterais le passer en QWERTZ...
est ce que quelqu'un connait la valeur de la clé de registre à rentrée?
Pour l'intant j'ai mis 100C!

Up...