Ouh lala !! ca me parait un peu (tres) vague comme question!!
La plus grosse différence entre les deux systemes est sans doute le coté "libre" et "open source" de linux :
contrairement a Windows, les sources du systeme sont ouvertes a tous, et pour peu que tu aies les connaissances nécéssaires et la capacité a le faire, tu es libre de les modifier a ta guise pour en faire ce que tu veux. Il en va de meme pour la majorité des programmes sous linux. Au contraire, Windows etant un produit commercial, ses sources ne sont pas disponibles, et tu dois faire avec ce qu'on te donne, en ayant une possibilité assez réduite de faire évoluer ton systeme a ta guise, en l'optimisant par exemple pour ton matériel.
Si tu précisait sur quel domaine(s) particulier(s) tu souhaites faire une comparaison des deux OS, il serait sans doute plus facile de répondre a ta question !!
Phiphi