Ha, ben j'ai le meme probleme!!! c'est invivable!
si tu trouves une solution, je suis preneur!!!!

La seule solution que j'ai trouvé est de décocher dans les "paramétrages serveur" de Thunderbird, l'option "laisser les messages sur le serveur" (qui était couplée avec "jusqu'à leur suppression").
Actuellement j'ai donc les options suivantes cochées : "vérifier le courrier au lancement", "vérifier les messages toutes les xx minutes" et "télécharger automatiquement les nouveaux messages".
Le seul problème est que maintenant je n'ai plus la possibilité d'aller voir mes nouveaux messages directement chez FREE, ce que je faisais avant lorsque j'étais en déplacement.
En cherchant sur les forums, j'ai pu lire que le problème venait d'une mauvaise utilisation de Zimbra par FREE.
J'ai remonté le problème chez FREE, mais comme à l'habitude ils n'en on rien à faire.
A+

Pour resynchroniser le tout, je suis allé sur Free, j'ai supprimé tous les messages dans la boite de réception (sans risque du fait qu'ils sont déjà dans Thunderbird) et j'ai décoché l'option de Thunderbird "laisser les messages sur le serveur".
De ce fait dès qu'un message est relevé, il est transféré sur Thunderbird et il disparait de FREE, il n'y a donc plus de duplications puisque la boite de FREE est toujours vide.
Cela n'a qu'un inconvénient, c'est qu'on ne peut plus lire ses msgs directement chez FREE à partir d'un autre ordinateur.