Ton problème est lié au fait que tu veux utiliser du javascript et du php en même temps, mais pas de la bonne façon. N'oublis pas que javascript s'execute côté client, et php, côté serveur uniquement.

ceci est donc invalide, et ne peut pas fonctionner:

<script language="JavaScript">
	duree="<?php echo $temps ?>";
	t();
</script>

Je viens d'essayer en mettant ça mais ça ne marche pas

var date_final = <?php echo $timestamp_final ?>;
var date = <?php echo $timestamp ?>;
var temps = date_final - date;

duree=temps;

Je vois bien comment récupérer la date (sous forme de timestamp) en javascript mais je ne vois pas comment faire pour avoir la date_final sans faire comme j'ai fait.

J'ai regarder avec Ajax mais d'après ce que j'ai compris il faut transmettre les variable par POST ou GET mais là ma variable vient directement de ma bdd.

Ne saurais tu pas comment faire pour que ca fonctionne ?

Je crois que ça devrait aller comme suit :
<script language="JavaScript">

function t()
{
var compteur=document.getElementById('compteur');
s=duree;
m=0;h=0;
if(s<0)
{
compteur.innerHTML="<br />"
}
else
{
if(s>59)
{
m=Math.floor(s/60);
s=s-m*60
}
if(m>59)
{
h=Math.floor(m/60);
m=m-h*60
}
if(s<10)
{
s="0"+s
}
if(m<10)
{
m="0"+m
}
compteur.innerHTML=h+":"+m+":"+s+"<br />"
}
duree=duree-1;
window.setTimeout("t();",999);
}

</script>

<div id="compteur"></div>
<?php
IF($pseudo == $recherche_bdd_combat['pseudo_attaquant'])
{
?><a href="enter.php">rappeler les hommes</a><?php
}
$timestamp = time();
$timestamp_final = $recherche_bdd_combat['timestamp_final'];
$temps = $timestamp_final - $timestamp;
?>
<?php echo '<script language="JavaScript">
duree="'.$temps.'";
t();
</script>'; ?>