Et bien relis ta question, lis ta dernière intervention et tu verras que ta demande est complètement différente d'un point de vue extérieur.
Personnellement, j'avais pas compris que tu demandais, quel intérêt il y a quand on compare un système LAMP et un système installé séparément.
Alors ma réponse est : une installation séparée est préférable, car tu configures tout toi même de A à Z et du coup tu n'a pas besoin refaire les fichiers de config. De plus tu a le choix de version ou de plug-in ciblé qui va mieux correspondre a ton appli (si besoin est). Voilà, a mon goût c'est plus rapide d'installer un système de façon séparée que d'analyser un système déjà prêt et d'analyser ses configs pour les modifier (surtout qu'il existe plusieurs version de LAMP ou WAMP).
Désolé, si je t'ai paru un peu agressif au début, mais avoue que ta question n'était pas si claire pour quelqu'un d'extérieur.