J'ai eut le meme souci, et en fait, j'ai branché l'iphone sur mon PC, je me suis connecté à l'App Strore depuis Itunes, j'ai téléchargé une appli sur le PC, ensuite j'ai synchronisé l'iPhone et la nouvelle appli.
Du coup elle se retrouve sur l'iphone avec le compte que je veux...
Une fois cela fait, j'ai redémarré l'iphone en restant appuyé sur le bouton veille et le bouton action jusqu'à ce qu'il s'éteigne ( ne pas arreter quand il y a le slide "eteindre" )
Et lorsque l'on redémarre, c'est le bon compte dans App Store.
Pour info, les Appli téléchargées avec l'ancien compte ne fonctionneront plus...