(pas de soucis^^)
Normalement on doit pouvoir intégrer plusieurs fichiers javascript dans une même page^^, pas de raison que ça pose problème. Est-ce que l'organisation de tes fonctions et de tes fichiers est vraiment logique? J'veux dire, humainement logique, j'ai souvent réglé des problèmes d'inclusion dans d'autres langages juste comme ça, en me demandant si ce que je faisais était avant tout logique pour un humain^^ (j'me suis rendu compte souvent qu'en testant de nouveaux trucs je codais moins logiquement, ce qui a autant d'avantages que d'inconvénients^^).
Ensuite, autre question: que se passe-t-il exactement? Car tu dis que tu as des soucis, mais de quelle nature précisément?
Je me permet de te recommander ceci: code une fonction en deux exemplaires distincts, sépare les pour les mettre dans chaque fichier javascript, et met toutes les autres fonctions en commentaire. Lance ta page et vérifie si l'appel à ces deux fonctions réussi^^ (par exemple un bête alert('page de code 1') et alert('page de code 2') ), ce qui permettra de déterminer si le problème est dans l'inclusion ou dans une fonction